1、操作系統(tǒng)不同
windows虛擬主機則是由windows系統(tǒng)的服務器開設出來的主機，其中windows server系統(tǒng)環(huán)境大多為win2008，和win2012，小部分主機商可能還有win2003。目前windows server2016還未普及。
linux虛擬主機則由linux系統(tǒng)搭建開設出來的主機，其中l(wèi)inux系統(tǒng)有多種，主流的為CentOs、Ubuntu、Debian、Redhat這四種。
他們最大的區(qū)別是系統(tǒng)不同，開設出來的虛擬主機也有所不同。
linux服務器，運行的web組件是Apache+mysql， 支持PHP和MYSQL為主，部分linux能支持JSP。
Windows服務器，運行的web組件是IIS，數(shù)據(jù)庫為SQL server為主，IIS版本由6-8不等。主要支持asp、asp.Net、PHP等，所以windows的主機也號稱全能主機。
2、支持開發(fā)語言不同
Windows虛擬主機支持asp開發(fā)的網(wǎng)站，而Linux虛擬主機支持php開發(fā)的網(wǎng)站。比如常見的WordPress、DZ、PHPCMS、等知名CMS系統(tǒng)都是基于Linux進行開發(fā)的，如果大家使用的是上述CMS系統(tǒng)，需要購買Linux虛擬主機。而常見的zblog是基于Windows進行開發(fā)的，如果使用zblog搭建個人獨立博客的話，需要購買Windows虛擬主機。
3、穩(wěn)定性
從穩(wěn)定性來看的話，windows虛擬主機的穩(wěn)定性會比linux差一些，因為linux開源，一般漏洞相比windows較少一些，攻擊會相對少。在一個是window界面占的資源會比linux的多，因此運行起來會比較慢。所以穩(wěn)定性的話liunx會好一些。
4、價格
一般而言，Windows虛擬主機和Linux虛擬主機價格基本是沒有差別的
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